上場株式等に係る制度と確定申告をする際の注意点
◆上場株式等の譲渡所得・配当所得に係る10％軽減税率の廃止
上場株式等の譲渡所得及び配当所得に係る１０％軽減税率（所得税７％、住民税３％）の特例措置は、平成２５年１２月３１日をもって廃止され、平成２６年１月１日以後は、本則税率の２０％（所得税１５％、住民税５％）が適用されます。
※平成２５年から平成４９年までの間に生ずる所得については、源泉所得税の徴収の際に復興特別所得税（平成２５年０．１４７％、平成２６年以後０．３１５％）が併せて徴収されます。
◆NISA（少額投資非課税制度）の開始
平成２６年１月１日から、非課税口座内の少額上場株式等に係る配当所得及び譲渡所得等の非課税措置（ＮＩＳＡ）が開始されます。
ＮＩＳＡは、２０歳以上（口座開設の年の１月１日現在）の居住者等を対象として、平成２６年から平成３５年までの間に、年間１００万円を上限として非課税口座で取得した上場株式等の配当等（※1）や上場株式等を売却したことにより生じた譲渡益が、非課税管理勘定を設定する必要があります。
※1 非課税口座を開設する金融商品取引業者等を経由して交付されるものに限られ、上場株式等の発行者から直接交付されるものは課税扱いとなります。
※2 非課税口座で取得した上場株式等を売却したことにより生じた損失はないものとみなされます。したがって、その上場株式等を売却したことにより生じた損失と、特定口座や一般口座で保有する上場株式等の配当やその上場株式等を売却したことにより生じた譲渡益との損益通算や繰越控除をすることはできません。
◆譲渡損失の繰越控除などの適用による確定申告の注意点
◎源泉徴収選択口座の取扱い
源泉徴収選択口座で申告しないことを選択した上場株式等の譲渡所得等の金額は、配偶者（特別）控除、扶養控除、寡婦（夫）控除、住宅借入金等特別控除などの適用要件を判定する際の「合計所得金額」に含まれないこととされています。
「上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除」などの適用を受けるためには、確定申告をする必要がありますが、その場合は「合計所得金額」に上場株式等の譲渡所得等が含まれることになります。配偶者控除や扶養控除の控除対象者の「合計所得金額」が３８万円を超えると対象から外れますので、注意してください。
◎上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除を受ける場合の「合計所得金額」
上場株式等を売却したこと等により生じた損失は、翌年以降３年間にわたり、確定申告により株式等に係る譲渡所得に係る譲渡所得等の金額及び上場株式等に係る配当所得の金額から繰越控除することができます。
譲渡損失の繰越控除を適用した場合に、「合計所得金額」に含まれる上場株式等に係る譲渡所得等の金額は、損失の繰越控除の適用をしないで算定することとされています。
したがって、前年以前から繰り越される上場株式等の譲渡損失の金額があったとしても、譲渡損失の繰越控除の適用を受ける前の譲渡所得等の金額がその年の合計所得金額に含まれることになります。
【例】繰り越している譲渡損失が１００万円あり、今年の譲渡益５０万円から控除した場合、譲渡益は０円となりますが、合計所得金額には控除前の５０万円が加算されます。
◎国民健康保険料への影響
国民健康保険の被保険者の場合は、保険料の所得割部分に影響が出る場合があります。料率等は自治体（市区町村）によって異なりますが、加入者の所得等に料率を乗じて所得割を算出しますので、確定申告をすることによって、これらが増えると所得割部分が増える場合があります。なお、この所得は、一般に「総所得金額等－３３万円」が使われていますので、譲渡損失の繰越控除を適用して利益がなければ保険料には影響を与えません。