修正申告等に対する加算税制度の見直し
平成28年度の税制改正により、加算税制度の見直しが行われ、平成29年1月1日以後に法定申告期限又は法定納期限が到来する国税から適用されます。
◆調査通知を受けて修正申告等を行う場合の加算税の見直し
修正申告書（期限後申告に係るものを除く）が、調査通知※以後に提出され、かつ、その提出が調査による更正を予知してされたものでない場合には、その申告に基づいて納付すべき税額に5%（期限内申告税額と50万円のいずれか多い額を超える部分は10%）の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課すこととされました。
また、期限後申告書（その修正申告書を含む）についても、調査通知※以後に提出され、かつ、その提出が調査による更正又は決定を予知してされたものでない場合には、その申告に基づいて納付すべき税額に10%（50万円を超える部分は15%）の割合を乗じて計算した金額に相当する無申告加算税を課すこととされました。
なお、調査通知前、かつ、更正等予知前の修正申告等については、今回の見直し後においても引き続き、過少申告加算税は課されません（無申告加算税が課される場合の加算税割合は5%）。
※調査通知とは、①実地の調査を行う旨、②調査の対象となる税目、③調査の対象となる期間の3項目の通知をいう。
【改正後の加算税割合】（太字部分が改正箇所）
| 修正申告等の時期 | 過少申告加算税 | 無申告加算税 | ||
| 改正前 | 改正後 | 改正前 | 改正後 | |
|
法定申告期限等の翌日から 調査通知前まで |
対象外 | 変更なし | 5% | 変更なし |
| 調査通知以後から調査による更正等予知前まで | 対象外 | 5%（10%） | 5% | 10%（15%） |
| 調査による更正等予知以後 | 10%（15%） | 変更なし | 15%（20%） | 変更なし |
※（）書きは、加重される部分（過少申告加算税：期限内申告税額と50万円のいずれか多い額を超える部分、無申告加算税：50万円を超える部分）に対する加算税割合。
※更正等を予知してされたものである場合には、調査通知の有無にかかわらず、加算税（調査による更正等予知以後の加算税割合）が賦課されます。
◆短期間に繰り返して無申告又は仮装・隠蔽が行われた場合の加算税の加重措置の導入
期限後申告等※があった場合において、その期限後申告等があった日の前日から起算して5年前の日までの間に、その期限後申告等に係る税目について無申告加算税（調査による更正又は決定の予知後に課されたものに限る）又は重加算税を課された（徴収された）ことがあるときは、その期限後申告等に基づき課する（徴収する）無申告加算税又は重加算税の額は、その期限後申告等に基づいて納付すべき税額に10%の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とされました。
※期限後申告等とは、①期限後申告書又は修正申告書の提出（更正又は決定を予知してされたものに限る）、②更正又は決定の処分、③納税の告知又は告知を受けることなくされた納付をいう。
【改正後の加算税割合】（太字部分が改正箇所）
| 加算税の区分 | 期限後申告等があった日前5年以内に同じ税目に対して無申告加算税又は重加算税を課された（徴収された）ことの有無 | |
| 無 | 有 | |
| 無申告加算税 | 15%（20%） | 25%（30%） |
| 重加算税（過少申告加算税に代えて課されるもの又は不納付加算税に代えて徴収されるもの） | 35% | 45% |
| 重加算税（無申告加算税に代えて課されるもの） | 40% | 50% |
※（）書きは、加重される部分（50万円を超える部分）に対する加算税割合。
※5年以内に無申告加算税又は重加算税が課されたことがあるか否かは、平成28年12月31日以前に法定申告期限等が到来した国税に係る期限後申告等に基づき課された加算税を含めて判定。